决策阶段控制工程预算的方法一般有：
1）进行多方案的技术经济比较，择优确定 建设方案；
2）建立科学决策体系，合理确定投资估算；
3）客观、认真的做好项目评价；
4）推行和完善项目法人责任制，从源头上控制工程项目投资。
工程预算编制过程要注意以下几点：
（1）了解工程的设计文件、技术文件、现场勘查情况和施工条件。
（2）按国际清单要求设定清单项目 ，准确表述工作内容与工作要求，规范使用计量单位。
（3）清单项目设置完整，不漏项。
（4）工程量计算必须准确，不然给投标人实施不平衡报价以可乘之机。
工程预算通过分析各项费用指标来找出工程预算审计的突破口，准确完整的反映工程的实际造价。如对某单位一建筑项目进行审计，审计人员通过审查发现该项目与以往审计过的某幢建筑物A的设计完全想同，经过测算该项目的经济造价指标和部分材料指标均高出A建设工程，审计人员进一步审计发现该项工程多计钢材16.3t；商品砼多计128.8m3。由于上年价格指数变动不大，且使用的是同一估价本，所以审计人员在审计过程中只考虑价差问题未考虑价格上涨指数，审计人员核减工程预算合计15.78万元。
对分包工程合同履行过程的事中审计监督是分包工程全过程跟踪审计的第二步。审计的重点是分包工程量计量、施工现场变更、材料使用等审计要素工程量计量的准确性，现场签证的真实性。工程量的大小决定着分包工程的终造价，是确定分包工程预算的根本。工程量的准确性，将直接决定着分包工程的审计质量。事中审计监督就是要突出对分包工程实施过程的审计，强调变更签证工作量的现场审计。内审人员要按施工阶段定期或不定期地深入施工现场，对实际发生的工程量，进行现场丈量和取证核实，落实变更签证确认程序和内容的合理性，是否存在违规签证，虚增工程量，提高分包工程量的真实性和准确性。
工程预算编制过程中使用定额应注意的问题：
1、定额未计价材料
计算式如下：未计价主材单位价值=带括号的定额含量*主材预算价格定额未列含量的主材；
定额未编列的主材定额含量=设计用量*（1施工损耗率）主材价值=定额未编列的主材定额含量*主材预算价格；
2、脚手架搭拆费
脚手架搭拆费按人工费的5%计算，其中人工工资费占25%；
脚手架搭拆费=工程人工费*5%;其中人工工资=脚手架搭拆费*25%。